Nel borgo di Vernazza in precedenza esisteva una cappella privata appartenuta prima ai Fieschi e poi ai Lomellini.

Una nuova cappella, dipendente dalla pieve di San Martino d’Albaro, fu edificata a partire dal 1468 su un terreno donato dal patrizio genovese Agostino Salvago, al crocevia tra la strada per la riviera di Levante e quella per San Desiderio e Bavari attraverso la Valle Sturla. Questa cappella votiva divenne sede dell’Arciconfraternita S. Rocco di Vernazza Morte e Orazione; nel 1644 la confraternita innalzò il primo campanile, poi sostituito da uno nuovo nel 1877.

Nel 1897 i confratelli della Casaccia di S. Rocco di Vernazza donarono il loro oratorio per dare vita ad una nuova parrocchia autonoma, eretta con decreto dell’arcivescovo Tommaso Reggio; nel 1916 la chiesa presentava seri problemi di stabilità, minacciando di crollare e fu radicalmente ristrutturata nel 1923 dall’architetto Lorenzo Basso, che la trasformò in stile neogotico.